Yamaha重型巡航跑车FJR1300首见于2001年，然后在04年追加ABS系统，再在06年增设不需扣扳离合器牛角的YCC-S半自动波箱版本 。其后一直到13年才有新改良。包括外型细节、引擎管理模组、供油系统、电子防护系统和避震配套。
新车也继续提供A和AS两个版本，A是有极力子牛角的传统转波版本，而AS则是没有极力子牛角的YCC-S半自动波箱版本。

    自2013年起，YCC-S系统更有新改良，转波反应更快，也可选择以手指转波或以脚部转波。 也增设Stop Mode功能，低速停车后，波段可以自动回防至一波。这个stop mode功能可以取消，如果骑士经常在落斜起步的话，便无需回防一波。

    YCC-T + TCS + D mode

    两个版本都配备YCC-T晶控电子油门Yamaha Chip Controlled Throttle，TCS循迹系统Traction Control，Sport及Touring双重动力模式系统(Driving Mode)，以及用左手单指一按即可启动的Cruise control定速巡航系统。

    为了配合YCC-T晶控电子油门的需要，节气阀和排气系统都经过重新设计。TCS循迹系统的技术来自MotoGP实战平台，运作原理是透过监测前后轮圈转速 。

    经过运算及分析后，在有需要时调整点火时间、供油量和电子油门来改变动力输出。死气喉配备双重催化器和氧气senor，提升燃烧效率及废气质素。

    水冷直四，双平衡轴，轴传动

    2013 FJR1300的动力心脏仍是一台1298cc四衝程水冷并列四汽缸引擎。引擎以前倾式放置在Deltabox铝合金车架之内，成为车架结构的一部件，以减轻车架的重量。

    前倾式放置的目的是降低引擎重心。引擎规格是以DOHC双凸轮轴驱动每汽缸四气阀，内置双平衡轴以减低引擎震动，传动模式仍是保养简单的轴传动。

    新车的缸径、衝程和压缩比都维持不变，但汽缸壁有新改良，提升散热能力。马力和扭力都有很轻微的增加，详情请看页底规格表。