随后雅马哈不断地推出YZF-R1的改进车型，到2004年，雅马哈针对YZF-R1做了很大的改进，发动机的缸径行程从以往的74mm*58mm修改为77mm*53.6mm。最大功率提升到了172马力。同时新车还配备了第五代Deltabox铝合金车架。

　　2007年雅马哈还YZF-R1引入了源于MotoGP比赛用车的YCC-T电子油门控制技术，同时发动机由每缸五气门改为了每缸四气门，最大功率达到了180马力。这款车0-100km/h加速时间为2.88秒，最高时速可以达到299km/h。

　　2011年，雅马哈推出2012款YZF-R1配备了带有钛金属气门和Crossplane曲轴的998cc发动机，除此之外新车型还配备了7级可调的牵引力控制系统和3种驾驶模式选择，这使得车手可以根据自己的喜好自由组合适合的架势模式。目前2012款YZF-R1在英国市场的